A deficiência mental pode ser relativamente estacionária ou progressiva. As convulsões costumam ser generalizadas, mas podem ser focais. Os tumores retinianos, a atrofia óptica e as cataratas, a sindactilia, a espinha bífida e outras malformações visíveis podem coexistir.

Os casos mais avançados de esclerose tuberosa geralmente se encontram nas instituições para retardos mentais, sendo porém um erro considerar que todos são tão gravemente incapacitados. Não é de todo raro encontrar nas clínicas dos hospitais gerais, pacientes com inteligência média e apenas convulsões e lesões cutâneas. Eventualmente uma síndrome cerebral focal mostrará à biópsia um típico "tubérculo" ou um glioma associado, em paciente que não se sabia ser portador da doença. A história familiar é frequentemente de pouca valia; aproximadamente 50% dos casos são esporádicos (mutação?).

No caso original de Bourneville a morte se deveu a um tumor benigno do músculo cardíaco (rabdomioma) e a maioria dos casos desse tumor cardíaco está associado à esclerose tuberosa. Esta doença também se combina com malformações tuberosas do rim, fígado, glândulas adrenais, e do pâncreas.

O diagnóstico é feito com o auxilio do RX do crânio. Nódulos calcificados ocorrem particularmente nos lobos temporais e adjacências dos ventrículos. O tratamento é exclusivamente sintomático. O prognóstico de sobrevida além da terceira década é sombrio.